近日，金沙娱场城61665携手徐州医科大学附属医院，借助于金沙娱场城61665自主研发的高效DNA提取技术DNAplus™和精准液相杂交捕获技术AllNGS™打造的实体瘤全程管理产品Panel-315，绘制了中国人群胸腺上皮肿瘤的分子特征图谱，并首次提出NFKBIA基因是胸腺上皮瘤患者不良预后的重要标志及潜在治疗药物靶点。相关研究成果“Genomic characterization of thymic epithelial tumors reveals critical genes underlying tumorigenesis and poor prognosis”发表于SCI杂志Clinical Genetics (IF=4.296，DOI: 10.1111/cge.14285)。本文通讯作者为徐医附院胸外科谭胜主任，金沙娱场城61665CEO张道允博士及研发总监巩子英博士担任共同通讯作者1。
本研究队列由47名患者构成，总计39例胸腺瘤和8例胸腺癌患者被纳入研究。入组患者均提供了经福尔马林固定的石蜡包埋组织样本，并使用金沙娱场城61665实体瘤全程管理产品Panel-315进行了肿瘤发生、发展及用药相关的315个基因的全外显子及部分内含子靶向测序。数据在过滤胚系突变后，共报告了114个基因上的178个突变。最常见的突变类型是错义突变、移码突变和无义突变，最常见的突变基因是KMT2C（13%）、SPTA1（11%）、TET2（9%）、KDM6A（9%）和ATM（9%）。值得注意的是，本研究队列中所有患者均未表现出微卫星高度不稳定特征，且存在极高比例的C > T转变SNV（55%），这可能是胸腺上皮瘤患者的潜在特征之一。
有趣的是，本研究还发现胸腺癌患者突变基因数（7.3）明显高于A/AB亚型（3.4）和B1-3亚型（2.7）的胸腺瘤患者，且不同亚型的高频突变基因谱存在较大差异。此外，在肿瘤突变负荷（TMB）方面，不仅胸腺癌患者TMB明显高于胸腺瘤患者，男性患者TMB也显著高于女性。
为了进一步评估检出突变的临床意义，本研究在OncoKB等公共数据库中进行了对比检索，结果发现了24个基因中的32个驱动突变，其中最常见的是仅在队列TC亚型中观察到的NFKBIA和TP53基因的功能缺失突变。同时，本研究发现胸腺上皮瘤患者中NFKBIA和TP53的表达量相对于癌旁组织明显升高，且不同亚型间表达量存在异质性。值得注意的是，TC亚型中NFKBIA的表达量明显高于其他亚型。
最后，本研究探讨了这一分子差异对胸腺上皮瘤患者预后的指导意义。结果发现，高TMB患者、高NFKBIA表达患者以及TP53突变携带者的5年生存率较差，是胸腺上皮瘤患者的不良预后因素。
综上，本研究解析了不同亚型的胸腺上皮瘤患者基因组特征图谱，同时基于不同亚型分子特征挖掘了一系列生物标志物并开发了新型临床分层管理策略，并可应用于胸腺上皮瘤患者预后评估，为患者提供精准医疗指导。
参考文献：
1. Tan S, Chen J, Wang Z, et al. Genomic characterization of thymic epithelial tumors reveals critical genes underlying tumorigenesis and poor prognosis. Clin Genet. 2022;doi:10.1111/cge.14285
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